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单细胞多组学ATAC+基因表达

单细胞多组学ATAC+基因表达

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送样须知
Q&A

　　单细胞ATAC+基因表达测序将ATAC与转录组测序结合起来顺利获得表观基因组和基因表达谱的综合分析来鉴定复杂的细胞群体，并发现细胞异质性，从而发现隐藏的信息。将调控元件的发现与基因表达相结合，探索驱动细胞分化、发育和疾病的基因调控相互作用。

 

　　样本类型

　　动物组织、单细胞悬液、细胞核悬液、细胞系；

 

　　实验流程

单细胞多组学ATAC+基因表达实验流程图

分析流程

单细胞多组学ATAC+基因表达分析流程图

　　

应用方向

　　a.生物标志物发现;

　　b.细胞谱系和发育程序追踪;

　　c.细胞异质性以及稀有细胞群体的检测;

　　d.基因调控网络;

　　e.对治疗干预的反应。

 

　　产品优势

　　a.在每个通道中高效分配500-10,000个细胞核，每次运行最多可分析80,000个细胞核 ;

　　b.可扩展，最多可平行运行8个样本;

　　c.细胞核回收率高达65% ;

　　d.高灵敏度;

　　e.微流体双重率低(每1,000个细胞核低于1%);

　　f.适用于细胞系、原代细胞、新鲜和冻存样本的研究。

　　案例一  单细胞多组学分析揭示了氧诱导的视网膜病模型中müller细胞的异质性

　　视网膜新生血管形成会显著增加视力丧失和失明的风险。尽管具有重要临床意义，但视网膜新生血管形成的发病机制所涉及的分子机制仍不明确。本研究利用氧诱导视网膜病变（OIR）模型进行单细胞多组学分析，全面探究了视网膜新生血管形成的复杂分子图谱。

        多组学数据集揭示了六种主要的眼细胞类型，其中穆勒细胞/星形胶质细胞与增生性糖尿病视网膜病变（PDR）表现出显着相关性。细胞通讯分析强调了与血管增生和神经发育相关的途径，例如Vegfa-Vegfr 2、Igf 1-Igf 1 r、Nrxn 3-Nlgn 1和Efna 5-Epha 4。轨迹分析发现了一个表达光感受器退化相关基因的穆勒细胞亚群。多组学数据整合进一步揭示了OIR穆勒细胞/星形胶质细胞中与轴突发育和神经递质传递相关的正调节基因。这项研究显著推进了对视网膜新血管形成背后复杂的细胞和分子机制的理解，强调了穆勒细胞的关键作用。所确定的途径为PDR的潜在治疗靶点给予了有价值的见解，为进一步的研究和临床干预给予了有希望的方向。

 

 

Reference：Yao X, Li Z, Lei Y, et al.Single-cell multiomics profiling reveals heterogeneity of Müller cells in the oxygen-induced retinopathy model. Invest Ophthalmol Vis Sci.2024;65(13):8.http://doi.org/10.1167/iovs.65.13.8

单细胞图谱

 

cluster之间差异基因

cluster之间差异peak

与目标基因直接关联的推定调控元件的鉴定

motif富集

 

     武汉生物DG视讯DG单细胞测序送样须知

     

　　Q1:单细胞多组学ATAC+基因表达能够实现哪些分析?

　　答：它能够对单细胞的转录组和表观基因组(使用ATAC-seq)进行同时分析，以帮助您分析不同类型细胞之间的基因如何表达和调控。

　　Q2:与单独的单细胞转录组和单细胞ATAC分析相比，单细胞多组学ATAC+基因表达的灵敏度如何?

　　答：在使用单细胞多组学ATAC+基因表达测试的样本类型中，当起始样本为细胞核时，ATAC和基因表达的表现与相应的10x Genomics单独流程(Chromium单细胞ATAC或Chromium单细胞基因表达)相当。

　　Q3:单细胞多组学ATAC +基因表达是否与Feature Barcode技术兼容?

　　答：现在，Feature Barcode技术与单细胞多组学ATAC +基因表达不兼容。

　　Q4:可使用哪些类型的样本?

　　答：需要细胞核悬液。从新鲜和冻存细胞、新鲜组织和冷冻组织中可以取得高质量的细胞核悬液。此分析已针对人类和小鼠样本进行优化。

　　Q5:单细胞多组学ATAC+基因表达的数据是否能与单个分析的数据合并分析?

　　答：是的，单细胞ATAC和单细胞基因表达数据的文件格式与单细胞多组学ATAC+基因表达兼容，可利用Seurat等第三方工具进行整合。

  • 武汉生物DG视讯DG单细胞测序送样须知

    武汉生物DG视讯DG单细胞测序送样须知
    文件大小: 193KB 发布时间: 2022-03-10
武汉生物DG视讯DG单细胞测序送样须知
2022-03-10 17:58:00
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