FFPE样本空间转录组测序
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Q&A
传统的空间转录组测序技术局限于新鲜冰冻组织切片，10X Genomics 推出全新的针对 FFPE 样本（福尔马林固定石蜡包埋）的 Visium 空间基因表达解决方案，该技术打破从 FFPE 组织样本中获取空间基因表达信息的壁垒，能够从 FFPE 样本中获取高灵敏度、高特异性的相关基因的表达信息及空间位置信息。Visium FFPE样本基因表达是一种开创性的解决方案，补充了传统病理学家主导的分析方法，在形态学背景下实现真正的探索发现，进一步扩展空间生物学研究的可能性。
技术原理
Visium FFPE空间基因表达是基于探针杂交的原理，从FFPE组织样本中取得组织的空间基因表达图谱，在形态学背景下实现真正的原位检测。该技术第一时间将FFPE组织切片置于Visium基因芯片上进行组织形态学染色和成像，然后利用Visium基因芯片上的探针进行定量表达。由于FFPE样本通常存在RNA高度降解的问题，针对FFPE样本的Visium空间基因表达解决方案无法像新鲜冰冻组织样本一样利用完整mRNA具有的poly(dA)序列进行mRNA捕获。该方案采用针对编码基因的成对RNA模板连接探针(RTL)与mRNA杂交，左侧探针(LHS)具有部分Read 2序列，右侧探针(RHS)具有合成的poly(A)序列，左右探针与mRNA杂交后彼此连接，而mRNA被RNase降解。顺利获得组织透化，被连接的成对探针与芯片上包含Barcode、UMI和poly(dT)序列的引物序列捕获，然后携带空间Barcode的探针序列用于文库构建和测序，从而取得基因表达信息及空间位置信息。
探针捕获图
FFPE样本空间转录组测序芯片原理
样本类型
人类、小鼠的FFPE样本。
实验流程
FFPE样本空间转录组测序实验流程
分析流程
FFPE样本空间转录组测序分析流程
应用方向
a.肿瘤异质性;
b.组织形态学;
c.组织发育机制;
d.治疗干预反应;
e.生物标志物发现;
f.细胞图谱。
产品优势
a.重新使用已保存的或生物DG视讯DG中的样品，发现生物标记物，可进行回顾和追踪研究;
b.使用RNA模板连接(RTL)探针确保高灵敏度和特异性，取得可靠的基因检测结果;
c.与免疫荧光技术结合可视化蛋白与基因的表达，或结合HE染色用于形态学研究;
d.可研究整个FFPE切片，消除与预定义感兴趣区域相关的分析限制，不错过重要的生物学信息。
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