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基因测序-(Nova6000/MGI-T7)
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单细胞测序服务
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小分子代谢物检测服务
微量细胞转录组测序(SMART-seq2)(RNA)
①技术介绍
微量细胞转录组测序Smart-seq2技术是一种基于单细胞或极少量RNA样本的高精度转录组测序方法,其核心原理是顺利获得模板转换(template switching)技术实现全长cDNA的高效扩增。该技术顺利获得末端转移酶在反转录产物末端添加寡核苷酸序列,结合PCR扩增,突破了传统方法对样本量的限制,能够从单个细胞或pg级RNA中获取覆盖全转录本的基因表达信息,尤其适用于低丰度RNA的检测。Smart-seq2技术具有高灵敏度和高准确性,在单细胞基因表达分析、肿瘤异质性研究、胚胎发育追踪等领域具有广泛应用价值,为解析复杂生物系统的分子机制给予了重要工具。
②技术路线
③技术参数
样本要求 |
测序策略 |
交付周期 |
样品类型: TotaI RNA OD260/230为1.8~2.2 RIN≥7 |
测序模式: llumina/MGI PE150 测序深度: 6-12G clean data |
有参30天 无参45天 |
WGCNA模块散点图
KEGG pathview富集通路图
GSEA富集分析可视化
a.真核生物:mRNA具有poly(A)结构。
b.微量细胞:细胞数目为20~200个,细胞活力不低于80%(AO/PI染色检测)。
c.微量total RNA:一般要求RNA 28S/18S≥1,RIN≥7,浓度>50pg/μL。
1.Smart-seq2需要多少RNA起始量?
通常提取得到Total RNA≥10ng即可满足下游实验,且基因表达量无太大影响。建库RNA最低起始量不足1ng虽然可满足文库质量要求,但是对部分基因定量有一定影响。此外RNA质量即RIN>7.0且无明显降解才能往下游进行建库测序实验。
2.微量细胞分离方法有哪些?
微量细胞分离主要有四种方法:激光显微切割、流式细胞仪分选、微流控芯片分选和口吸管法分离。现在武汉生物DG视讯DG采用的是流式细胞仪分选,该方法能够保障目标细胞群有极高的纯度,能够根据表面受体密度的差别来分离不同细胞,同时能够分选出百万分之一的稀有细胞。